无论是分体的发生器还是组合的发生器，都需要对输出的气体进行干燥净化，即除湿除烃(或者除油)等，下面就来谈谈氢气发生器过滤管的两种安装方式。
1) 立装式：氢气发生器净化管的进气口和出气口都在仪器底部,开口向上。此方法有两种:
a.净化管内加衬管，吸附剂装入衬管内，氢气发生器气体先经吸附剂吸附后再经净化管与衬管中间的缝隙到净化管底部输出，此方法由于受结构及加工工艺的影响，氢气发生器衬管不易从净化管内取出，甚者气体受吸附剂阻力的影响而不流经吸附剂，造成未过滤的气体直接输出，氢气发生器影响色谱的正常使用;
b.净化管内加导管吸附剂装入净化管内，气体先经吸附剂吸附后再经导管输出，此方法多为不锈钢管采用，氢气发生器但不锈钢管为不透明不便于用户直接观察吸附剂的变化;不方便使用。
2) 吊装式：净化管的进气口和出气口都在仪器上部，出管口向下，氢气发生器从电解分离池或者压缩机过来的气体首先从固定盖中间内突起的进气口向下通过内衬芯管进入干燥剂底部，氢气发生器然后经过吸附剂的过滤后再向上返回到固定盖周边的出气口，从而保证气体经过有效的过滤后再输出。
由于受工作原理的限制，氢气发生器和电解分离池出来的气体湿度都比较大，当气体经电解分离池后或多或少都会有水汽凝结成水珠，氢气发生器采用立装式固定净化管，液滴由于重力的作用，会在更换过滤器时滴入出气口，进入色谱仪的管道，造成管路系统的污染，氢气发生器吊装式避免了以上的问题。
